Como abrir clínica médica em São Paulo: licença, conselho e imposto

Para saber como abrir clínica médica em São Paulo, a resposta curta é: a empresa é uma ME, registrada no conselho de medicina, com licença sanitária definida pelos procedimentos que a clínica faz. São seis passos, e a escolha do regime tributário pesa mais que em outros ramos.

Abaixo estão o tipo de empresa que costuma servir, os passos na ordem, as licenças que se aplicam em São Paulo, como o imposto do ramo tende a funcionar e os erros que mais atrasam a abertura.

Qual tipo de empresa abrir para clínica médica

Não há MEI para medicina. O CNAE da clínica de consultas é o 8630-5/03, atividade médica ambulatorial restrita a consultas, que o IBGE descreve com consultórios, ambulatórios e clínicas médicas.

Clínica que faz procedimentos ou exames tem outros códigos e outras exigências. A lista de serviços define o cadastro.

A clínica abre como ME, com receita de até R$ 360.000 por ano (LC 123, art. 3º, I), ou como EPP quando a receita prevista é maior. A diferença entre SLU e LTDA está em Sociedade limitada unipessoal: abrir empresa sozinho como SLU ou montar uma Ltda.

Passo a passo: Como abrir clínica médica em São Paulo

1. Consulta de viabilidade: a Prefeitura diz se o endereço aceita a atividade. Veja Consulta de viabilidade da empresa: o que checa e o que fazer se negar.
2. Registro na Junta Comercial (JUCESP), com o contrato social ou o requerimento de empresário.
3. CNPJ na Receita Federal, no mesmo fluxo do registro. Na empresa em início de atividade, a opção pelo Simples Nacional é pedida junto com a inscrição no CNPJ, pelo Portal Redesim (Resolução CGSN 140/2018, art. 6º, § 5º).
4. Inscrição municipal (CCM): CCM em São Paulo: a inscrição municipal da empresa, passo a passo.
5. Licença de funcionamento (ALF) e as licenças próprias do ramo, descritas na seção seguinte.

Na clínica médica, a lista de procedimentos vem antes da viabilidade. Consultas, pequenos procedimentos e exames de imagem têm licenças e estruturas diferentes.

Licenças para abrir clínica médica em São Paulo

A licença municipal é o Auto de Licença de Funcionamento (ALF). Pela Prefeitura de São Paulo, o ALF de baixo risco sai pelo Portal Empreenda Fácil quando a atividade está no Anexo I do Decreto 57.298/2016 ou no Decreto 58.419/2018 e o imóvel se enquadra nas subcategorias de uso nR1, nR2, Ind-1a ou Ind-1b.

Também é preciso que a edificação tenha até 1.500 m² ou que a empresa ocupe até 500 m². Fora disso, o pedido vai à Subprefeitura, e o resumo está em Alvará de funcionamento em São Paulo: como funciona o ALF e o baixo risco.

A Portaria SMS 266/2025 classifica a atividade médica ambulatorial restrita a consultas (8630-5/03) com risco médio, sem inspeção prévia, com CLI para a pessoa jurídica. Procedimentos e exames têm outras classificações.

A Lei 6.839/1980, art. 1º, torna obrigatório o registro das empresas na entidade que fiscaliza a profissão da atividade básica.

A licença do Corpo de Bombeiros segue o Decreto Estadual 69.118/2024: o art. 3º define o AVCB e o CLCB, e o art. 15, V, diz que cabe ao proprietário ou usuário providenciar e manter vigente a licença, salvo os casos de dispensa. As licenças além do alvará estão em Licença da Vigilância Sanitária e AVCB: o que vem além do alvará.

Para o serviço, a ME e a EPP do Simples emitem a nota pelo padrão nacional da NFS-e desde 01/11/2026 (Resolução CGSN 191/2026). O município pode ter calendário próprio de transição, e o resumo está em NFS-e nacional obrigatória para ME e EPP do Simples a partir de 1º de novembro de 2026.

Quanto custa abrir clínica médica em São Paulo

As taxas oficiais variam com o tipo de empresa, o órgão e o tamanho do imóvel, e mudam por ato de cada órgão. Por isso esta página não traz valores: a conta de registro, licenças e certificado digital está em Quanto custa abrir uma empresa em São Paulo: as taxas de 2026.

Fora as taxas, o que mais pesa no começo de uma clínica médica é a adequação do espaço, os equipamentos e o sistema de prontuário. Clínica com exames tem investimento muito maior.

Qual regime tributário clínica médica tende a usar

A LC 123, art. 18, § 5º-B, XIX, cita a medicina, inclusive laboratorial, e a enfermagem, e o § 5º-M, I, manda essas atividades ao Anexo V quando a folha dos 12 meses é inferior a 28% da receita, e ao Anexo III a partir de 28%.

Clínicas com receita maior costumam comparar o Simples com o Lucro Presumido, inclusive com a regra de equiparação hospitalar em Equiparação hospitalar no Lucro Presumido: requisitos, regra nova de 2026 e o efeito no imposto.

Na primeira faixa, para receita de até R$ 180.000 em 12 meses, a alíquota nominal é de 6,00% no Anexo III e de 15,50% no Anexo V (LC 123, Anexos III e V). A regra da folha mora em Fator R: como calcular e descobrir se a sua empresa está no anexo certo, e a escolha do regime na abertura em Qual regime tributário escolher na abertura da empresa: Simples, Presumido ou Real.

Erros mais comuns ao abrir clínica médica

O primeiro erro é abrir com o código de consultas e fazer procedimentos. A licença sanitária não cobre o que a clínica realmente faz.

O segundo é escolher o regime sem simular. A diferença entre Simples e Lucro Presumido em clínica pode ser grande, para um lado ou para o outro.

O terceiro é pagar médicos parceiros sem contrato. A divisão de receita e a responsabilidade técnica ficam sem base.

Como a WJR ajuda a abrir clínica médica

A WJR é um escritório de contabilidade na Mooca, em São Paulo, com mais de 30 anos de experiência e atendimento presencial e online (Quem somos: a WJR Contabilidade, na Mooca desde 1995). O primeiro passo é o Diagnóstico WJR, gratuito e sem compromisso. Outras atividades estão em Cnae.

A abertura pode ser gratuita, dependendo da análise feita no Diagnóstico WJR. O serviço de abertura está em Abrir empresa em São Paulo do jeito certo, do primeiro passo ao CNPJ ativo, e a rotina do ramo depois de aberto está em Contabilidade para clínicas: sócio que atende, equipe e convênio. O registro na Junta, passo a passo, está em Registro na Jucesp: como abrir empresa passo a passo.

Perguntas frequentes

Fontes: Portal do Simples Nacional, Anexo XI da Resolução CGSN 140/2018 http://www8.receita.fazenda.gov.br/SimplesNacional/Arquivos/manual/Anexo_XI.pdf; IBGE/CONCLA, subclasse 8630-5/03 https://servicodados.ibge.gov.br/api/v2/cnae/subclasses/8630503; Prefeitura de São Paulo, ALF baixo risco https://prefeitura.sp.gov.br/web/subprefeituras/w/deguos/344419; Governo de SP, Decreto 69.118/2024, arts. 3º e 15 https://www.al.sp.gov.br/repositorio/legislacao/decreto/2024/decreto-69118-09.12.2024.html; Planalto, LC 123/2006, art. 3º, I, art. 18, §§ 5º-B, XIX, 5º-K e 5º-M, I, e Anexos III e V https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/lcp/lcp123.htm; Receita Federal, Resolução CGSN 140/2018, art. 6º, § 5º, art. 25, § 1º, e art. 26 http://normas.receita.fazenda.gov.br/sijut2consulta/link.action?idAto=92278; Planalto, Lei 6.839/1980, art. 1º https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/l6839.htm; Prefeitura de São Paulo, Portaria SMS 266/2025, Anexo I https://prefeitura.sp.gov.br/documents/d/saude/portaria-266_25_completa_rev-11_-22062026-1-pdf