A contabilidade para laboratório de análises clínicas começa por duas regras: o laboratório não pode ser MEI, e no Simples Nacional o imposto segue o Fator R, porque a LC 123 cita a atividade pelo nome. Quando a receita sobe e a folha pesa, a comparação com o Lucro Presumido entra na conta.
A seguir você vê o código do IBGE, a regra do anexo, o licenciamento sanitário em São Paulo, a rotina de convênios e uma conta de exemplo com os números da lei.
Laboratório de análises clínicas pode ser MEI? Como é o enquadramento
Não. O Anexo XI da Resolução CGSN 140/2018 não traz ocupação de laboratório ou de análises clínicas. O laboratório abre como ME ou EPP, sozinho (SLU) ou com sócios (LTDA).
O IBGE classifica a atividade no CNAE 8640-2/02, laboratórios clínicos. O código cobre laboratórios de análises clínicas, de biologia molecular, postos de coleta e unidades móveis com laboratório, sem consultas médicas. Laboratórios de anatomia patológica e citológica ficam em outro código.
No Simples, a LC 123 lista "laboratórios de análises clínicas ou de patologia clínica" no art. 18, § 5º-D, inciso XII.
O § 5º-M, inciso II, manda as atividades do § 5º-D ao Anexo V quando a folha dos 12 meses é inferior a 28% da receita, e ao Anexo III a partir de 28%. A Resolução CGSN 140/2018, art. 25, § 1º, V, "h", confirma. Laboratório costuma ter equipe técnica grande, o que pesa a favor do Anexo III.
Licença sanitária e rotina do laboratório
Em São Paulo, a COVISA diz que só precisam de licenciamento sanitário as atividades do Anexo I da Portaria SMS 266/2025. O laboratório clínico (8640-2/02) está nesse anexo, com classificação de risco alto e inspeção, e o posto de coleta também aparece.
A portaria tem um capítulo próprio sobre responsabilidade legal e técnica. Veja o resumo das licenças em Licença da Vigilância Sanitária e AVCB: o que vem além do alvará.
A receita do laboratório vem de pacientes particulares, convênios e contratos com clínicas e hospitais. O convênio paga com prazo e pode glosar parte do faturamento. A nota fiscal precisa bater com o valor efetivamente aceito, e a glosa precisa de controle próprio.
Contrato com hospital ou outra empresa pode prever retenção de tributos na nota, e a regra muda conforme o regime do laboratório. Cada nota com retenção é conferida antes da apuração do mês.
Um ponto de atenção do ramo é crescer no Simples sem olhar a folha: o laboratório investe em equipamento, reduz equipe e, sem perceber, cai no Anexo V. Outro erro é misturar posto de coleta em outro endereço sem inscrição própria.
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Quanto imposto paga um laboratório de análises clínicas
Exemplo, com os números da LC 123: laboratório com receita de R$ 150.000 por mês e RBT12 de R$ 1.800.000, no teto da quarta faixa (de R$ 720.000,01 a R$ 1.800.000,00).
- Anexo III (folha de 28% ou mais): alíquota nominal de 16,00% e parcela a deduzir de R$ 35.640. Alíquota efetiva de 14,02% e DAS de R$ 21.030 no mês.
- Anexo V (folha abaixo de 28%): alíquota nominal de 20,50% e parcela a deduzir de R$ 17.100. Alíquota efetiva de 19,55% e DAS de R$ 29.325 no mês.
Para ficar no Anexo III, a folha dos 12 meses precisaria somar pelo menos R$ 504.000 (28% de R$ 1.800.000). O teto de receita da empresa de pequeno porte é de R$ 4.800.000 por ano (LC 123, art. 3º, II), e o sublimite para ICMS e ISS tem página própria em Sublimite do Simples Nacional: quando ICMS e ISS saem do DAS.
Nessa faixa de receita, vale comparar com o Lucro Presumido antes de cada ano. A página dona do tema é Simples Nacional ou Lucro Presumido: como escolher o regime da sua empresa, e o serviço está em Contabilidade Lucro Presumido para empresas que cresceram. A regra do Fator R mora em Fator R: como calcular e descobrir se a sua empresa está no anexo certo.
Laboratório que pretende abrir novas unidades ou postos de coleta deve planejar o cadastro de cada endereço antes do contrato de aluguel. Cada estabelecimento tem inscrição na prefeitura e, conforme o Anexo I da Portaria SMS 266/2025, licenciamento sanitário próprio.
Como a WJR acompanha laboratórios de análises clínicas
A WJR é um escritório de contabilidade na Mooca, em São Paulo, com mais de 30 anos de experiência e atendimento presencial e online (Quem somos: a WJR Contabilidade, na Mooca desde 1995). O primeiro passo é o Diagnóstico WJR, gratuito e sem compromisso. Outras atividades estão em Cnae.
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Perguntas frequentes
Qual CNAE usar para laboratório de análises clínicas?+
O IBGE indica o 8640-2/02, laboratórios clínicos, que inclui postos de coleta e laboratórios de biologia molecular. Anatomia patológica fica em outro código.
Laboratório de análises clínicas pode optar pelo Simples Nacional?+
Pode, desde que cumpra as demais condições da LC 123. A atividade está no art. 18, § 5º-D, XII, e segue a regra do Fator R para definir entre o Anexo III e o Anexo V.
Posto de coleta precisa de licença própria?+
Em São Paulo, o posto de coleta laboratorial aparece no Anexo I da Portaria SMS 266/2025, de licenciamento sanitário. Cada endereço também precisa de cadastro na prefeitura.
Convênio que glosa exame muda o imposto?+
O imposto é calculado sobre a receita. Se a nota foi emitida por um valor e o convênio pagou menos por glosa, o ajuste precisa ser documentado para a receita declarada refletir o que foi efetivamente faturado.
Quando o Lucro Presumido passa a fazer sentido?+
Quando a receita alta e a folha baixa empurram o laboratório para as faixas finais do Anexo V. A decisão depende de margem, folha e despesas, e é feita com a conta dos dois regimes lado a lado.
Biomédico, farmacêutico ou médico pode ser responsável técnico?+
A responsabilidade técnica segue as regras de cada conselho profissional e da vigilância sanitária. Confirme com o conselho do profissional e com a Portaria SMS 266/2025 antes de definir o responsável no contrato social.
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Fontes: IBGE/CONCLA, subclasse 8640-2/02 https://servicodados.ibge.gov.br/api/v2/cnae/subclasses/8640202; Planalto, LC 123/2006, art. 3º, II, art. 18, §§ 5º-B, XIX, 5º-D, XII, 5º-K e 5º-M, e Anexos III e V https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/lcp/lcp123.htm; Receita Federal, Resolução CGSN 140/2018, arts. 25, § 1º, V, h, e 26 http://normas.receita.fazenda.gov.br/sijut2consulta/link.action?idAto=92278; Portal do Simples Nacional, Anexo XI da Resolução CGSN 140/2018 http://www8.receita.fazenda.gov.br/SimplesNacional/Arquivos/manual/Anexo_XI.pdf; Prefeitura de São Paulo, Portaria SMS 266/2025, Anexo I https://prefeitura.sp.gov.br/documents/d/saude/portaria-266_25_completa_rev-11_-22062026-1-pdf; Prefeitura de São Paulo, COVISA, atividades licenciadas https://prefeitura.sp.gov.br/web/saude/w/vigilancia_em_saude/cmvs/369829
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