Contabilidade para médicos: PJ, plantão e clínica

A contabilidade para médicos começa por uma pergunta simples: de onde vem cada real que você recebe. Plantão com carteira assinada, plantão pago a uma empresa sua e paciente particular no consultório são três rendas com três tratamentos diferentes, e misturar as três é o erro que mais custa.

Muitos médicos passam por essa mistura em algum momento da carreira. Começa com plantão, abre um CNPJ porque o hospital pediu, depois aluga uma sala para atender particular e, quando vê, tem folha, convênio e sócio. Cada etapa muda uma parte da conta, na ordem em que costuma acontecer.

O CNAE e o anexo do Simples de quem exerce medicina

O código da atividade médica fica na classe 8630-5 do Concla/IBGE, e a escolha depende do que o consultório faz. Os três códigos são estes:

8630-5/03, atividade médica ambulatorial restrita a consultas;
8630-5/02, atividade médica ambulatorial com recursos para realização de exames complementares;
8630-5/01, atividade médica ambulatorial com recursos para realização de procedimentos cirúrgicos.

Nenhum deles é permitido ao MEI. Médico não consta da lista de ocupações do microempreendedor individual, então a empresa já nasce como microempresa ou empresa de pequeno porte.

No Simples Nacional, medicina, inclusive laboratorial, e enfermagem são tributadas pelo Anexo III quando a folha de salários dos últimos 12 meses chega a 28% da receita bruta do mesmo período. Abaixo disso, vão para o Anexo V. Essa relação é o Fator R, e a conta completa está em Fator R: como calcular e descobrir se a sua empresa está no anexo certo.

Para o médico que trabalha sozinho, o pró-labore é quase sempre a única folha. Por isso a decisão sobre o valor do pró-labore anda junto com a decisão do anexo, e as duas se fazem com números na mesa.

Plantão como PJ, consultório ou CLT: três rendas, três regras

O plantão com carteira assinada é salário. O imposto sai na folha do hospital, a empresa do médico não participa e esse valor não entra na receita do CNPJ. Ele só aparece na sua declaração de pessoa física.

O plantão pago à sua empresa é receita de serviço. Você emite nota fiscal para o hospital ou para a cooperativa, e o valor entra na receita bruta que define a faixa do Simples ou a base do Lucro Presumido. Quando o tomador é outra empresa, pode haver retenção de tributos federais na nota; esse assunto está em Contabilidade para prestadores de serviços: retenções e anexo.

O consultório particular é a terceira renda. Se o paciente paga a você como pessoa física, o valor vai para o carnê-leão. Se paga à empresa, é receita do CNPJ e sai com nota.

O ponto de atenção é o médico que tem as três ao mesmo tempo. O CNAE precisa cobrir o que a empresa realmente faz, a nota precisa sair do CNPJ certo, e o salário do hospital não pode ser somado à receita da empresa por engano.

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Equiparação hospitalar: quando a clínica presume 8% de IRPJ

A equiparação hospitalar é regra do Lucro Presumido. Nesse regime, o imposto de renda não é calculado sobre o lucro de verdade, e sim sobre um percentual da receita que a lei presume como lucro.

Para serviços em geral, a presunção do IRPJ é de 32% da receita. A Lei 9.249/1995, art. 15, §1º, III, "a", tira dessa regra e leva para 8% os serviços hospitalares e de auxílio diagnóstico e terapia, patologia clínica, imagenologia, anatomia patológica e citopatologia, medicina nuclear e análises e patologias clínicas.

Na CSLL, o art. 20 da mesma lei faz o mesmo movimento. As receitas equiparadas presumem 12%, contra 32% dos serviços em geral.

A lei põe duas condições, e as duas precisam estar presentes:

a prestadora precisa ser organizada como sociedade empresária;
a prestadora precisa atender às normas da Anvisa.

Ficam fora da equiparação:

o consultório que só faz consulta;
a sociedade simples, mesmo que faça procedimento;
o serviço prestado em ambiente de terceiro, como o procedimento feito na estrutura de um hospital que não é seu.

Na prática, a clínica com sala de procedimento própria, ambiente dentro das normas sanitárias e contrato social de sociedade empresária é quem tem perfil para olhar a equiparação. O consultório de consulta, mesmo muito movimentado, segue com a presunção de 32%.

Outro detalhe que pesa: a regra vale por receita, não por empresa. Uma clínica que faz consulta e também presta serviço equiparado separa as duas receitas, e só a do serviço equiparado usa a presunção reduzida.

No Simples a equiparação não se aplica, porque o imposto sai pela tabela do anexo. Comparar esse regime com o Simples, com a folha e a receita reais da clínica, é trabalho de Contabilidade Lucro Presumido para empresas que cresceram e de planejamento, e o resultado muda de clínica para clínica. Se você tem clínica médica com estrutura e quer saber se a equiparação já cabe no seu caso, depende do caso, no Diagnóstico WJR a gente diz.

CRM, registro da empresa e responsável técnico

Abrir o CNPJ não basta para a clínica funcionar. A Lei 6.839/1980, art. 1º, obriga o registro da empresa no conselho que fiscaliza a atividade, e na medicina isso é o CRM do estado.

A clínica também precisa de um diretor técnico, que responde pelo estabelecimento perante o conselho. Pela orientação do Conselho Federal de Medicina, os diretores técnicos das empresas inscritas nos CRMs devem obrigatoriamente ser médicos.

Isso muda a abertura em dois pontos. O objeto social e o CNAE precisam conversar com o que o CRM vai registrar, e a entrada de um sócio que não é médico precisa ser pensada antes, porque a direção técnica continua sendo de um médico.

Convênio e glosa: o risco está na conciliação

Quem atende convênio fatura um valor e recebe outro. Entre a guia enviada e o dinheiro na conta existe a auditoria da operadora, que pode recusar parte do que foi cobrado. É a glosa.

O problema contábil da glosa não é só o dinheiro que não veio. É a nota emitida por um valor, o recebimento por outro e ninguém conferindo a diferença. Sem conciliação mês a mês, a receita declarada deixa de bater com o extrato, e o recurso contra a glosa corre o risco de perder o prazo.

A rotina que evita isso é comparar, a cada repasse, o que foi faturado por operadora com o que entrou, guardar o demonstrativo da glosa e decidir o que será recorrido. A reforma tributária reconhece o tema: a LC 214/2025, art. 130, parágrafo único, tira da base do IBS e da CBS os valores glosados pela auditoria dos planos de saúde e não pagos.

Carnê-leão ou CNPJ: a conta do plantonista que atende particular

O médico que recebe de paciente pessoa física, sem empresa, recolhe o imposto pelo carnê-leão todo mês. A tabela progressiva mensal de 2026 isenta até R$ 2.428,80 e chega a 27,5% acima de R$ 4.664,68.

Em 2026 existe também um redutor da Lei 15.270/2025, aplicado sobre o imposto calculado, que zera o IR para rendimento mensal até R$ 5.000,00 e diminui até desaparecer em R$ 7.350,00. Acima disso, vale a tabela cheia.

No CNPJ, a comparação é com a alíquota inicial do anexo do Simples em que a medicina cair, Anexo III ou V, somada ao custo do pró-labore e da contabilidade. O plantonista que já emite nota pela empresa e ainda atende particular na pessoa física costuma ter as duas contas abertas ao mesmo tempo.

Não existe resposta pronta para quem ganha mais em cada lado. A conta se faz com o seu faturamento, a sua folha e o que você pretende tirar como pró-labore, e ela é feita antes de mudar a forma de receber.

Contabilidade para médicos e a reforma tributária

A LC 214/2025 reduz em 60% as alíquotas do IBS e da CBS dos serviços de saúde, pelos arts. 128, II, e 130, desde que o serviço esteja na lista do Anexo III da própria lei. Esse é o primeiro número a olhar antes de qualquer conta sobre pagar mais ou menos na transição.

A transição de PIS, Cofins e ISS para os novos tributos, para quem presta serviço, está em Reforma tributária para prestador de serviço: o que muda.

Como a WJR acompanha médicos e clínicas

A WJR emite o DAS e transmite o PGDAS-D e a DEFIS, e o médico só paga. Todo mês acompanha a receita dos últimos 12 meses e o sublimite, dentro da mensalidade.

O pró-labore sai com critério definido a partir da estratégia combinada com você. Antes de contratar secretária ou técnico, a WJR faz a simulação gratuita do custo do funcionário, e depois cuida do eSocial inteiro, inclusive a transmissão.

A WJR atende todos os regimes, inclusive Lucro Presumido e Lucro Real, e acompanha as mensagens que a sua empresa recebe, inclusive no Domicílio Tributário Eletrônico. Na abertura, a empresa sai com CCM, certificado digital e emissor configurados, e a abertura pode ser gratuita, dependendo da análise.

O atendimento é pelo grupo de WhatsApp da sua empresa, por e-mail e pelo portal do cliente, presencial na Mooca ou online. A trajetória desde 1995 está em Quem somos: a WJR Contabilidade, na Mooca desde 1995, e outros segmentos atendidos estão em Segmentos. Se a sua estrutura já é de clínica, com mais de um profissional, veja também Contabilidade para clínicas: sócio que atende, equipe e convênio; se o consultório é odontológico, Contabilidade para dentistas: consultório, clínica e o ISS da sociedade em São Paulo.

O primeiro passo é o Diagnóstico WJR: gratuito, sem compromisso, presencial ou online, com resposta em algumas horas.

Perguntas frequentes

Médico pode ser MEI?+

Não. Médico não está na lista de ocupações permitidas ao MEI, e nenhum dos códigos de atividade médica ambulatorial é aceito. A empresa abre como microempresa ou empresa de pequeno porte.

Em qual anexo do Simples entra a medicina?+

No Anexo III, quando a folha dos últimos 12 meses chega a 28% da receita bruta do mesmo período. Abaixo de 28%, no Anexo V.

Consultório que só faz consulta pode ter equiparação hospitalar?+

Não. A presunção de 8% de IRPJ e de 12% de CSLL vale para serviços hospitalares e de diagnóstico e terapia prestados por sociedade empresária que atende às normas da Anvisa. Consulta, sociedade simples e serviço em ambiente de terceiro ficam fora.

A clínica precisa de registro no CRM?+

Sim. A empresa se registra no CRM do estado e indica um diretor técnico, que obrigatoriamente é médico.

O salário do plantão CLT entra na receita da minha empresa?+

Não. Salário é rendimento da pessoa física, com o imposto retido na folha do hospital. Só o plantão faturado com nota pelo CNPJ é receita da empresa.

A reforma tributária tem redução para serviço médico?+

Sim. A LC 214/2025 reduz em 60% as alíquotas do IBS e da CBS dos serviços de saúde listados no Anexo III da lei, e tira da base os valores glosados pelos planos e não pagos.

Contabilidade para médicos: o que muda entre plantão, consultório e PJ