A contabilidade para fisioterapeutas começa pelo lugar onde o atendimento acontece: na sua clínica, na casa do paciente ou dentro da clínica de outra pessoa. O lugar muda quem paga, quem recebe a nota e como a receita chega até você.
A maior parte dos fisioterapeutas mistura esses formatos. Atende particular no consultório, faz sessões domiciliares, recebe de convênio e presta serviço para outra clínica como PJ. Cada formato tem um cuidado próprio, e todos passam pelo mesmo CNPJ.
O CNAE e o anexo do Simples de quem trabalha com fisioterapia
O código oficial é o 8650-0/04, atividades de fisioterapia. Pela nota do Concla/IBGE, ele compreende as atividades de fisioterapeutas em centros e núcleos de reabilitação física e as atividades de fisioterapeutas legalmente habilitados exercidas de forma independente.
O mesmo código não cobre hidroginástica e as demais atividades de condicionamento físico. Quem oferece pilates de academia ou treino funcional ao lado da fisioterapia está falando de outra atividade, com outro código.
A fisioterapia não é permitida ao MEI. Fisioterapeuta não consta da lista de ocupações do microempreendedor individual, então o CNPJ abre como microempresa ou empresa de pequeno porte.
No Simples Nacional, a fisioterapia é tributada pelo Anexo III quando a folha de salários dos últimos 12 meses chega a 28% da receita bruta do mesmo período. Abaixo disso, vai para o Anexo V. A conta completa do Fator R está em Fator R: como calcular e descobrir se a sua empresa está no anexo certo.
Para o fisioterapeuta que atende sozinho, o pró-labore é quase toda a folha. É por isso que o valor do pró-labore e o anexo precisam ser decididos juntos, olhando a receita real dos últimos meses.
CREFITO: registro da clínica e responsável técnico
A clínica de fisioterapia não se regulariza só com o CNPJ e o alvará. A Lei 6.839/1980, art. 1º, obriga o registro da empresa no conselho da atividade, e na fisioterapia esse conselho é o CREFITO da região.
A Resolução COFFITO 37/1984 detalha a regra. Empresas que prestam assistência fisioterápica se registram no CREFITO com jurisdição onde funcionam, e a responsabilidade técnica pelas atividades de fisioterapia é exercida por fisioterapeuta, pessoa física, com exclusividade e autonomia.
Na abertura, isso significa alinhar o objeto social, o CNAE e o registro no conselho. Se a clínica vai ter sócio que não é fisioterapeuta, a responsabilidade técnica continua sendo de um fisioterapeuta habilitado.
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Clínica, domicílio e convênio: cada formato tem um cuidado
Na clínica própria, o cuidado é com a estrutura: aluguel, equipamento, recepção e, se houver, fisioterapeutas contratados. É o formato que mais facilmente gera folha e ajuda o Fator R.
No atendimento domiciliar, a atividade continua sendo fisioterapia exercida por profissional habilitado. O que muda é a organização: agenda espalhada, deslocamento e pagamento que muitas vezes chega por transferência direta do paciente. Sem controle, parte dessa receita fica fora da nota.
No convênio, o repasse vem depois do atendimento e pode chegar menor que o valor faturado, quando a operadora recusa parte da cobrança. Conciliar mês a mês o que foi faturado com o que entrou evita que a receita declarada fique diferente do extrato.
A rotina é simples de descrever e trabalhosa de manter: separar o faturamento por operadora, guardar o demonstrativo de cada repasse, marcar o que foi recusado e decidir o que vale recorrer. Quem deixa para olhar no fim do ano corre o risco de perder o prazo do recurso e fica sem saber qual receita realmente entrou.
Quem presta serviço para outra clínica como PJ emite nota para a empresa tomadora. A relação é entre CNPJs, e o contrato precisa refletir o que é feito na prática. Se a estrutura já é de clínica com vários profissionais, veja também Contabilidade para clínicas: sócio que atende, equipe e convênio.
Nota fiscal por sessão ou por pacote
Existem duas formas de organizar a nota do fisioterapeuta, e as duas são usadas no mercado.
Na nota por sessão, cada atendimento gera uma nota. O paciente recebe o documento no dia, a receita fica registrada no mês em que o serviço foi feito, e o controle é simples de conferir. O custo é operacional: muitas notas, todos os dias.
Na nota por pacote, o paciente contrata um conjunto de sessões e a nota descreve o pacote. Ela pode sair no fechamento do pacote ou em fechamento mensal das sessões realizadas. O cuidado é com o pacote pago adiantado e interrompido no meio, que pede devolução ou ajuste.
O que não pode acontecer é ficar sem regra: nota em alguns pacientes e não em outros, ou nota com valor que não bate com o recebido. A forma escolhida precisa ser a mesma para todos e combinar com o que foi recebido no mês. A WJR tem emissor de notas próprio, apresentado em Emissor de nota fiscal para a sua empresa emitir sem erro.
Carnê-leão ou CNPJ: a conta de quem atende como autônomo
O fisioterapeuta que recebe de paciente pessoa física, sem empresa, recolhe o imposto pelo carnê-leão todo mês. A tabela progressiva mensal de 2026 isenta até R$ 2.428,80 e chega a 27,5% acima de R$ 4.664,68.
Em 2026 existe ainda um redutor da Lei 15.270/2025, aplicado sobre o imposto calculado, que zera o IR para rendimento mensal até R$ 5.000,00 e diminui até sumir em R$ 7.350,00. Acima disso, vale a tabela cheia.
No CNPJ, a comparação é com a alíquota inicial do anexo em que a fisioterapia cair, Anexo III ou V, mais o custo do pró-labore e da contabilidade.
Outro ponto é separar a conta da pessoa física da conta da empresa. Receita de paciente que cai na conta pessoal quando existe CNPJ confunde as duas apurações e dificulta a conferência de cada uma.
A conta certa depende da sua receita mensal, de quem paga e de quanto você pretende retirar como pró-labore. Ela se faz com os seus números, antes de mudar a forma de receber.
Contabilidade para fisioterapeutas e a reforma tributária
A LC 214/2025 reduz em 60% as alíquotas do IBS e da CBS dos serviços de saúde, pelos arts. 128, II, e 130, para os serviços listados no Anexo III da lei. É o primeiro ponto a conferir antes de qualquer conta sobre pagar mais na transição.
A mesma lei tira da base do IBS e da CBS os valores glosados pela auditoria dos planos de saúde e não pagos. O resumo da reforma para quem presta serviço está em Reforma tributária para prestador de serviço: o que muda.
Como a WJR acompanha fisioterapeutas e clínicas de fisioterapia
A WJR emite o DAS e transmite o PGDAS-D e a DEFIS, e você só paga. Todo mês acompanha a receita dos últimos 12 meses e o sublimite, dentro da mensalidade.
O pró-labore sai com critério, definido a partir da estratégia combinada com você. Antes de contratar outro fisioterapeuta ou recepcionista com carteira, a WJR faz a simulação gratuita do custo do funcionário, e depois cuida do eSocial inteiro, inclusive a transmissão.
O cadastro no emissor municipal de nota fiscal faz parte do escopo, e a WJR acompanha as mensagens que a empresa recebe, inclusive no Domicílio Tributário Eletrônico. Na abertura, a empresa sai com CCM, certificado digital e emissor configurados, e a abertura pode ser gratuita, dependendo da análise.
O atendimento é pelo grupo de WhatsApp da empresa, por e-mail e pelo portal do cliente, presencial na Mooca ou online. A história do escritório está em Quem somos: a WJR Contabilidade, na Mooca desde 1995, e os outros segmentos atendidos em Segmentos.
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Perguntas frequentes
Fisioterapeuta pode ser MEI?+
Não. Fisioterapeuta não está na lista de ocupações permitidas ao MEI, e o código 8650-0/04 não é aceito.
Qual é o CNAE da fisioterapia?+
É o 8650-0/04, atividades de fisioterapia. Ele cobre o atendimento em centros de reabilitação e o fisioterapeuta habilitado que trabalha de forma independente.
Em qual anexo do Simples entra a fisioterapia?+
No Anexo III, quando a folha dos últimos 12 meses chega a 28% da receita bruta. Abaixo de 28%, no Anexo V.
A clínica de fisioterapia precisa de registro no CREFITO?+
Sim. A empresa se registra no CREFITO da região onde funciona e tem um fisioterapeuta como responsável técnico.
A reforma tributária tem redução para serviços de saúde?+
Sim. A LC 214/2025 reduz em 60% as alíquotas do IBS e da CBS dos serviços de saúde listados no Anexo III da lei.
Pilates e treino funcional de academia entram no mesmo código da fisioterapia?+
Não. A nota do código de fisioterapia exclui a hidroginástica e as demais atividades de condicionamento físico, que ficam em outro código.
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Fontes: Concla/IBGE https://concla.ibge.gov.br/busca-online-cnae.html, Portal do Simples Nacional, Anexo XI da Resolução CGSN 140/2018 https://www8.receita.fazenda.gov.br/simplesnacional/arquivos/manual/anexo_xi.pdf, Planalto, LC 147/2014 https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/lcp/lcp147.htm, Planalto, LC 155/2016 https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/lcp/lcp155.htm, COFFITO, Resolução 37/1984 https://www.coffito.gov.br/nsite/?p=2794, Planalto, Lei 6.839/1980 https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/l6839.htm, Receita Federal, tabelas do IRPF 2026 https://www.gov.br/receitafederal/pt-br/assuntos/meu-imposto-de-renda/tabelas/2026, Planalto, LC 214/2025 https://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/lcp/lcp214.htm
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